卧式有机肥发酵罐工作原理为将废弃物（畜禽粪便、厨余垃圾、生活污泥等）、生物质（秸秆及锯末等）以及回流物料按照一定比例混合均匀，使含水率达到设计要求60-65%后进入立体好氧系统，通过调节原料的水分、氧气含量和温度变化，使物料进行充分的好氧发酵分解，分解过程中释放的热量能够使物料自身温度增高，温度能够达95℃，发酵物料中的水分随着温度的上升被蒸发，部分有机物被分解，从而使堆体体积减小，达到废弃物的减量化处理。有机肥发酵罐通过通风、充氧、搅拌等作用控制温度在65—75℃之间，达到物料发酵处理的温度，在此温度时，能够使堆体中的大量病原菌和寄生虫死亡，同时利用除臭系统对排放的气体进行生物臭味，达到无害化处理的目的。高温好氧发酵后的产品，可用于土壤改良、园林绿化、垃圾填埋覆盖土等。